La scuola Gian Matteo Giberti nasce nel 1972 su iniziativa di Sua Eccellenza Giuseppe Carraro, vescovo di Verona dal 1958 al 1972. Il progetto della costruzione della nuova realtà scolastica venne portato a termine e realizzato nella zona di San Massimo dove diventò sede del Seminario Minore della Diocesi di Verona, costituito dalla scuola secondaria di I e II grado (scuola media e Liceo Classico).
Verso la fine degli anni novanta venne avviato l'iter per la richiesta della parità scolastica, riconosciuta nel 2001 secondo le direttive della riforma Berlinguer:
Il riconoscimento della parità scolastica inserisce la scuola paritaria nel sistema nazionale di istruzione e garantisce l’equiparazione dei diritti e dei doveri degli studenti, le medesime modalità di svolgimento degli esami di Stato, l’assolvimento dell’obbligo di istruzione, l’abilitazione a rilasciare titoli di studio aventi valore legale e, più in generale, impegna le scuole paritarie a contribuire alla realizzazione della finalità di istruzione ed educazione che la Costituzione assegna alla scuola.
A partire dal 2006 la scuola, pur rimanendo scuola del Seminario Vescovile, aprì le porte anche a tutti quegli studenti che, esterni alla comunità del seminario, condividevano il progetto educativo dell'istituto. Nel 2014 l'istituto Gian Matteo Giberti cambia sede, trasferendosi nella struttura in cui si trova tuttora in Lungadige Attiraglio presso il Centro Carraro.
Dall'anno scolastico 2016-2017 la scuola è protagonista di alcuni grandi cambiamenti:
- viene nominata Scuola Diocesana per volontà di Sua Eccellenza Mons. Giuseppe Zenti, vescovo di Verona.;
- permette a ragazzi e ragazze;
- da la possibilità di iscriversi scegliendo tra l'indirizzo del Liceo Classico e del Liceo scientifico;